Você pode protestar um boleto sim! Para isso, você precisará ter uma nota fiscal da venda ou um contrato que comprove a prestação do serviço. Com esse documento em mãos, vá até um cartório chamado Tabelionato de Notas e Protesto de Títulos. Lá, você preencherá um documento com todos os dados do devedor (nome, RG, CPF, endereço, etc).
Confira todos os dados, incluindo os valores e as datas do pagamento original. Cada Tabelionato possui o seu procedimento e tabelas de valores. Sendo assim, você poderá ser cobrado para protestar algum título.
Depois disso, é só esperar o seu cliente realizar o pagamento da dívida, que pode ser quitada diretamente com você ou no próprio cartório. Lembre-se que o pagamento depende do seu cliente e isso pode demorar mais que o esperado.
Se o seu cliente pagar para você, será preciso apresentar o comprovante de pagamento no Tabelionato para retirar o nome do seu cliente do protesto e deixá-lo com o nome limpo novamente.